高级生物信息学：分子对接与模拟

理论与实践相结合的生物信息学技术课程

学习内容：

• 蛋白质结构预测的基础知识
• 分子动力学模拟和对接的基本理论
• Linux 操作系统及其命令的入门介绍
• GROMACS 中蛋白质分子动力学模拟的实际演示
• MD 轨迹分析，包括 RMSD、RMSF、回转半径等指标
• AutoDock、Vina、CB-Dock 和 PatchDock 的实际应用
• GROMACS 中配体-蛋白质复合物 MD 模拟的实际演示
• 药物虚拟筛选的理论与实践知识

课程内容主题：

• 生物信息学基础概念
• 分子动力学模拟原理
• Linux 环境介绍
• 蛋白质分子动力学模拟演示
• 配体-蛋白质对接实践
• 虚拟筛选技术应用

课程要求：

• 熟悉基础的蛋白质结构知识，有助于更好地理解本课程内容。
• 建议参加生物信息学理论与实践相关课程以加强概念掌握。
• 具备一定的学习能力和兴趣，能够从简单的步骤逐步过渡到复杂的应用场景。

课程详细描述：

目前，生物信息学工具在生物学研究中的使用率很高。本高级生物信息学课程为您提供分子对接和分子动力学模拟的理论与实践知识。通过学习，您将掌握执行上述生物信息学技术所需的理论和实践步骤，并成为配体-蛋白质对接和分子动力学模拟方面的专家。

本课程旨在满足生物学家的需求。我们尝试以简单而优雅的方式解释每个步骤，因此即使是该领域的新人也能轻松跟上学习进度。共有七个模块，104个讲座。

您将学到：

• （1）蛋白质结构生物信息学： 学习蛋白质的高级预测方法和技术。
• （2）分子动力学模拟理论： 深入理解如何使用 GROMACS 等软件进行分子动力学模拟。
• （3）Linux环境介绍： 为初学者提供 Linux 命令和操作系统的入门知识。
• （4）蛋白质分子动力学模拟实践演示： 通过案例学习如何在 GROMACS 中进行实际的分子动力学模拟。
• （5）配体-蛋白质对接（理论与实践）： 学习并掌握多种对接工具，包括 AutoDock、Vina 等。
• （6）配体-蛋白质复合物分子动力学模拟的实际演示： 实践操作以增强理解。
• （7）利用 Vina 进行蛋白质配体的虚拟筛选： 掌握药物设计中的重要技术。

本课程是理论与实践的独特结合。我们使用开源软件，因此您无需购买任何昂贵的工具。课程中演示的工具有 Modeller、I-TASSER、Alpha-Fold (Colab)、Auto-dock4、Vina、Patch-Dock、GROMACS、LigPlot、ChemSketch、OpenBabel、Pymol 等等，这些工具可免费使用，并且与课程材料密切相关。

现在就开始这段奇妙的学习旅程吧！我们希望您会发现本课程的内容物有所值。在您的学习过程中，我们会提供一切可能的帮助并积极回应所有问题和疑问。让我们一起成长。
您的成长就是我们的成长。

适合人群：

• 对药物研发感兴趣的人士
• 想成为蛋白质工程师并对新生蛋白质设计感兴趣的人员

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